農業環境的監測在目前還未列入國家建設計劃，而且農業環境監測站的設備條件很不整齊，實際的監測能力差別很大。只有約1/3的省級站具備相對完善的污染監測條件,部分監測站僅依靠所了解的一般性知識進行經驗性環境調查、觀察報告和管理;一般地縣級監測站僅3~5人,沒有實驗室,工作開展受到很大限制。在過去十多年來,由于缺乏必要的監測設備、方法、標準和人力,一直未開展農區生態系統指標的監測。農業環境監測站在近幾年來逐漸的被推廣應用，是現代農業發展的里程碑。
　　
　　各級農業環境監測部門的日常工作大多局限于環境調查、報告編寫、宣傳培訓等方面,除了湖北、重慶站結合三峽監測任務開展了水土流失、作物病蟲害等生態指標監測外,其它所有農業環境監測站都未開展生態指標監測。各級農業環境監測部門在重大農業環境污染事故的仲裁處理、重大建設工程對農業環境的影響評價、農業清潔生產新技術的研究與基地開發等方面參與能力不足或參與程度不夠。農業環境監測站的應用范圍還比較局限。
　　
　　各級財政應進一步加大投入力度,加強農業環境監測體系的能力建設，農業環境監測站的應用逐漸的推廣應用。改善辦公及監測環境,添置先進的儀器設備,首先保證各省級站具備相對完善的常規監測條件。由于生態農業縣建設發展,基本農田保護區逐步劃定,生物多樣性工作逐步開展,對生態監測提出了迫切要求。當前農業環境監測體系缺乏生態監測手段,必須補充生態監測設備與能力,以便承擔農牧區生態監測任務。力爭建立以農業部環境監測總站為工作站的全國農業環境信息網絡,實現數據資料計算機網絡傳輸,及時準確地為管理、科研及生產服務。

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